Cuajinicuilapa es una palabra de origen náhuatl formada por los siguientes elementos: "Cuauhxonecuilli-atl-pan". La primera palabra, a su vez, está compuesta de "Cuáuhuitl" que significa "Árbol"; "Xo" que significa "De", "Ixitl" que significa "Pie" y "Necuilli" que significa "Torcedura" o sea, el "Cuajinicuil" es un árbol de la familia de las leguminosas del género Inga, cuyas especies abundan en la América interítsmica; produce largas  vainas o legumbres con semillas envueltas en una pulpa comestible, lo mismo que los cotiledones, que se cuecen como verduras y sancochados son sabrosísimos. Después viene "Atl" que significa "Agua", y "Pan" que es un sufijo locativo. "Cuahxonecuilapan", en castellano, se traduciría como "Río o arroyo de los cuajinicuiles". Se le añade "De Santa María" en homenaje al coronel Francisco Atilano Santa María. Cuajinicuilapa se asienta en lo que era la provincia de Ayacastla, que se extendía desde el río Ayutla hasta las llanuras que comparten los actuales estados de Guerrero y Oaxaca, y se integraba con pueblos de distinta formación lingüística y étnica: Ayutla, Xochitonala, Acatlán, Cuauhtepec, Tututepec y Tlacuila tenían por lengua el mixteca; el náhuatl, seguramente la mayoría; Ometepec e Igualapa hablaban ayacasteca, pero también comprendían individuos de habla amusga. Este idioma era particular de Xicayán, Ayotzinapa y Xochistlahuaca. Además formaban parte de la provincia Huehuetán, que hablaba huehueteca; Quetzapotla, que hablaba quetzapoteca, y Quahuitlán, que hablaba quahuteca. Cuajinicuilapa se ubica precisamente en lo que fue Quahhuitlán, zona de entre treinta kilómetros de ancho y cincuenta de largo que se hallaba situada en la línea divisoria entre el actual municipio de Cuajinicuilapa y el estado de Oaxaca. Quahuitlán estuvo sujeto al cacicazgo de Tututepec. En 1824 al constituirse la primera República federal, Cuajinicuilapa perteneció al partido de Ayutla y al distrito de Tlapa del estado de Puebla. Al eregirse el estado de Guerrero en 1850, Cuajiniculapa quedó integrada al municipio de Ometepec y al distrito de Allende y en 1852 se constituyó como municipio con la parte sur de Ometepec, integrado a San Nicolás Maldonado; la actual cabecera municipal Cuajinicuilapa desde 1862 pertenece al distrito de Abasolo.